R
#进入R环境
install.packages(“optparse”)
#此处会弹出镜像地址选择，选择China（Beijing）即可
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(c(“NOISeq”, “Repitools”, “Rsamtools”, “GenomicFeatures”, “rtracklayer”))
安装好之后，输入qualimap即可打开图形界面，推荐在终端命令行界面进行操作。
qualimap有几个分析模式，分别是：bamqc、rnaseq、multi-bamqc、comp-counts 四种方法，这里由于平常多用bamqc，先介绍bamqc的使用，后续三种以后再进行补充介绍。
首先输入的bam文件需要进行sort，推荐使用samtools进行操作；
之后使用qualimap进行分析的命令如下：
qualimap bamqc -bam xxx.sort.bam -gff xxx.bed -outdir ./bamqc_result -outformat PDF:HTML
##参数说明##
-bam 表示输入的bam文件的路径
-gff 表示输入指定参考基因组注释信息，输入的格式可以是GFF/GTF/BED，此项为可选项；
-outdir指定输出文件夹；
-outformat指定生成报告格式（默认为HTML格式）。
运行完成后可在指定文件夹发现report的PDF和HTML文件，打开即可看到相应的质控指标及作图。