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TCGA数据库下载正常样本

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最近因为一些需求在研究TCGA数据库。关于TCGA数据库数据下载,随便搜搜就有很多文章,方法多样,可以通过R包也可以通过TCGA提供的官方下载器gdc-client。但是下载数据的时候,我突然发现,诶,怎么下载正常样本?本文介绍如何在数据库中搜索正常样本。

Access to Data

选择Repository

Repository

点击左侧的Cases

Cases

下方有一行“Add Cases/Biospecimen Filter”,点击该蓝色字。
搜索‘"samples.sample_type’,可以看到它的描述是:Text term to describe the source of a biospecimen used for a laboratory test.

image.png

添加该filter后你就能看到许多分类,包括tumor和normal:

samples.sample_type

最后你可以选择你需要的正常样本,导出他们的sampleID进行下载。

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