下载数据
image.png统计命令
less -S /public/reference/gtf/gencode/gencode.v25.annotation.gtf.gz|grep -v '#'|awk '$3=="gene"'|cut -f 1|sort|uniq -c >1.gene
less -S gencode.v29.annotation.gtf.gz |grep -v '#'|awk '$3=="gene"'|cut -f 1|sort|uniq -c >2.gene
paste 1.gene 2.gene |awk -v OFS="\t" 'BEGIN{print "#gencode download gtf\n#Chr\tv25.gtf.gene_num\tv29.gtf.gene_num\tv29-v25"}{print $2,$1,$3,$3-$1}'|sed 's/^[ \t]*//g'|less -S
按类别统计差异
因为gtf里面包含很多pro_coding或者non_coding的gene ID，因此我们需要在统计的时候，根据第九列更多的信息，将gene进行再细小的分类，然后在统计一些v25，与v29版本的差异~~