Tomato

1.基因组下载网站介绍

SGN
Pythozome NCBI
NCBI RefSeq Accession
SGN完整版基因组

2.序列相关文件下载

基础文件一般我们下载4个：CDS.fa、Protein.fa、GFF.gff3和Genome.fa

# 小编在home目录下新建sra目录，所有数据都放在这个目录里面
cd ~/sra
# 全基因组CDS序列下载
wget 
# protein序列下载
wget 
# gff注释文件下载
wget 
# genome序列下载
wget 
# 解压genome压缩文件
tar -zxvf S_lycopersicum_chromosomes.3.00.fa.tar.gz && rm S_lycopersicum_chromosomes.3.00.fa.tar.gz

4个文件详细信息

基本的数据已经下载完成，接下来需要去确定你自己感兴趣的基因家族。下一篇介绍HMMER3.1b工具的介绍。

基于全基因组的基因家族分析（1）：数据准备

1.基因组下载网站介绍

2.序列相关文件下载