R文件系统管理常用函数

文件系统管理是存储和组织我们的数据的方法。在数据科学项目中频繁地接触到文件夹和文件管理。如在爬虫项目中，涉及工作路径的设置，文件夹的创建，文件的批量命名，文件的批量导入等操作。因此，高效、科学的文件管理方式将能够大大地提高我们的工作效率。

工作路径管理

getwd()：获得当前工作路径
setwd()：设置工作路径

文件夹管理

dir.create()：创建一个新的目录
unlink()：删除文件和目录
dir()：查看当前目录下的所有文件夹和文件名
list.files()：查看当前目录的子目录和文件，同dir()
list.dirs()：查看当前目录的子目录
path.expand()：扩展路径名
normalizePath()：转换Windows或Linux的路径分割符
shortPathName()：缩短路径的显示长度（Windows中使用）

文件管理

file.path()：拼接目录字符串，创建路径名
file.info()：查看文件完整信息
file.exists()：查看文件是否存在
file.access()：查看文件权限
Sys.chmod()：修改文件权限
file.rename()：修改文件名
file.remove()：删除文件
file.append()：文件内容拼接
file.copy()：复制文件
basename()：获得最低等级的路径名（即文件名）
dirname()：获得除文件名外的路径名

压缩/解压文件

zip()：创建一个压缩文件
unzip()：从压缩文件中获得某些文件

扩展包管理

R.home()：查看R软件的相关目录
.Library：查看R核心包的目录
.Library.site：打印核心包的目录和root用户安装包目录（Linux下）
.libPaths()：打印所有包的存放目录
system.file()：查看指定包所在的目录

R 操作excel示例：

rm(list=ls())
library(gdata)
library(WriteXLS)
df<-read.xls("geneall.xlsx",sheet=1)
dim(df)
head(df)
genes<-cbind(genes,as.vector(df$GNM))

genes<-c()
for(i in 1:7){
  df<-read.xls("geneall.xlsx",sheet=i)
  genes<-c(genes,as.vector(df$GNM))
  
}
gdf<-as.data.frame(table(genes))
oddf<-gdf[order(gdf$Freq,decreasing=T),]
df<-read.xls("geneall.xlsx",sheet=7)
head(df)
head(oddf)
colnames(oddf)<-c("GNM","Freq")
library(dplyr)

MMMM<-oddf%>%filter(GNM %in% df$GNM) %>%merge(df,by="GNM")%>%arrange(desc(as.numeric(Freq)))%>%dplyr::select(GID,GNM,Freq)
dim(MMMM)

shet<-c("MMMM","NNNN","BBBB","VVVV","FFFF","GGGG","HHHHH")

WriteXLS(x=shet, ExcelFileName = "geneshell.xls",
         SheetNames = shet, perl = "perl",
         verbose = FALSE, Encoding = c("UTF-8", "latin1", "cp1252"),
         row.names = FALSE, col.names = TRUE,
         AdjWidth = FALSE, AutoFilter = FALSE, BoldHeaderRow = FALSE,
         na = "",
         FreezeRow = 0, FreezeCol = 0,
         envir = parent.frame())