学徒数据挖掘专场第二期
目录如下：
本次需要完成的是非主流转录组数据分析图表，主流图表是：
- 表达矩阵的质控及可视化（PCA图及箱线图）
- 3大R包，edgeR, DEseq2, limma 做差异分析
- 差异分析的质控及可视化（热图及火山图）
- 差异基因的GO/KEGG数据库注释
- 表达矩阵及基因列表的GSEA分析
背景知识：
以前通常认为乳腺上皮包括两大类细胞：位于内层的分泌性管腔细胞（secretory luminal cells）和位于外层的基底/肌上皮细胞（basal/myoepithelial cells）
- an inner layer of luminal cells that surround the lumen
- an outer layer of myoepithelial cells that lie in a basal position adjacent to the basement membrane.
- Bipotent and are prominent and unique components of the outer (basal) layer.
- The inner (luminal) layer includes both luminal-restricted progenitors and a separable fraction that lacks progenitor activity.
鉴定出了三种不同的上皮细胞群：
- 1种基底细胞
- 2种管腔细胞，即L1型和L2型
- L1型是分泌细胞
- L2型在乳腺组织内扮演激素敏感元件功能。